虽然，进出口代理公司在货物进口、出口以及货代物流、外汇财务核销垫付等方面拥有着很大的优势。但是对于一些地区性区域外贸进出口贸易量的统计分析有着不方便之处，对于企业本身也存在着局限性。比如：部分未取得自营进出口权的企业，加之不熟悉专业的进出口代理操作细节流程，只能委托外省（口岸）进出口代理公司代理进出口贸易。而对于地方海关表示的不足之处在于：一个地区的部分进出口业务长期被外省企业代理，不仅导致企业利润流失，还将减少我省的外贸统计数据，外贸数据随代理公司被计入他省。”
    一些地方海关已经相继出台政策，帮助部分加工贸易企业从外贸进出口代理经营转型为自主经营，优势是提高了外贸企业对外进出口自主经营的独立性。但对于综合提高外贸公司的整体对外进出口贸易对话权，根本上还是需要提高企业自身的外贸进出口专业性。